古い神社建築であの三間社二面流造の同じ建物の社殿が二棟並ぶが、東(右)が本殿、その西(左)にある社殿が権殿ごんでん。式年遷宮斎行にあたりこの権殿が仮の本殿となる。

現在の権殿は文久三年に造替。

社殿の基本形態は平入型、屋根は檜皮葺による扠首切妻流造であり、全国にある神社の約六割を占める「流造」の原型である。
本殿、権殿ともに、江戸時代に於いて日本絵画史上最大の画派である「狩野派」によって狛犬の絵「影狛」が描かれている。

明治三十四年八月二日、「古社寺保存法」により『特別建造物』に指定され、昭和四年七月一日、「国宝保存法」により『国宝(旧)』、そして昭和二十八年三月三十日、「文化財保護法」により『重要文化財』に指定。並びに同日付を以て『国宝』に指定された。

上賀茂神社 本殿